Mặc dù đã qua nhiều nghiên cứu nhưng hiện nay tranh cãi về Đậu nành vẫn chưa đi đến kết thúc.
Những người ủng hộ thì coi Đậu nành là thực phẩm chữa bệnh, thức ăn cung cấp protein hữu ích cho cơ thể không khác gì thực phẩm có hàm lượng carbohydrate thấp (low – carb) thậm chí còn là nguồn thuốc chữa bệnh công hiệu, giảm nguy cơ mắc bệnh tim mạch... trong khi đó các nhà khoa học thì lại cho rằng có những mặt trái của Đậu nành mà con người chưa biết, chưa hiểu rõ, vì vậy nên dùng vừa phải, ví dụ trong Đậu nành có chứa nhiều các estrogen tự nhiên có thể kích thích bệnh ung thư phát triển, nhất là ung thư vú, ung thư trực tràng... và gần đây nhất một nghiên cứu ở Mỹ đã rút ra kết luận cho rằng: việc phán quyết chính xác vấn đề trên quả là không đơn giản chút nào, nhưng có một điều chắc chắn là tiêu thụ một lượng vừa phải Đậu nành sẽ có tác dụng tích cực (như ăn Đậu phụ, sữa Đậu nành) và không nên ăn các loại sản phẩm đã qua chế biến dưới dạng thực phẩm bổ sung như thức ăn nhanh. Đề xuất này được giới y học ủng hộ vì qua thực nghiệm ở chuột người ta phát hiện thấy khi tiêm vào chuột các tế bào ung thư bướu và sau đó cho chúng ăn các loại bột Đậu nành tự nhiên, nếu ăn ít thì bệnh của chúng phát triển chậm và ngược lại. Qua đây mới thấy những mặt trái và phải của việc dùng Đậu nành nhất là Đậu nành đã qua chế biến, thậm chí người ta còn phát hiện ra rằng việc cân bằng khẩu phần ăn kể cả thực phẩm Đậu nành cũng không có vấn đề gì nhưng nếu ăn nhiều quá sẽ gây bất lợi.